经济责任审计在加强领导干部监督管理、提高领导干部执政能力和树立科学发展观、正确政绩观等方面发挥了积极作用，同时也开创了审计工作的新舞台，对审计工作的转型和创新有着深刻的影响。随着经济责任审计工作的深入开展，以下问题亟需进一步完善。
一、急需建立一套全面系统的指导规范和统一的评价体系
现在所进行的经济责任审计基本上仍停留在查错纠弊阶段，审计的重点主要集中在对被审计单位的经济行为的合法性、合规性和正确性的审核上，审计评价和结论往往根据审计工作者本人的专业判断进行，这就使得审计结果很难具有权威性和客观性。形成这种情况的原因除了审计人员要转变观念，提高业务水平外，主要是缺乏一个如何开展经济责任审计和进行审计评价的统一的、系统的规范和指导原则。因此，急需在总结前期工作经验的基础上结合各地的审计工作成果，尽快制定出一套能够客观反映领导干部任期经济责任的审计方法和考评体系。这套方法和体系，应该密切联系审计工作实际，要以规范审计过程，提高审计质量为目的；
要具备科学性和可操作性，对领导干部的决策过程、决策结果和取得的社会效益、经济效益都能做出科学合理而又客观地评价；
同时还要体现人文关怀，要充分反映最基层人民的呼声和不同利益群体的意见。
二、以离任审计为主的经济责任审计流于形式
经济责任审计大多是“先离后审”，即使审计结果能反映一些问题，也不能影响到干部的提拔或任用，这样就容易使经济责任审计工作违背设立这项监督方式的初衷，使其流于形式，同时对一线的审计工作人员积极性也有一定的影响。要改变这种状况就要变“先离后审”为“先审后离”或者“先审后任”；
要使经济责任审计成为任前的“选贤关”，任中的“警示关”和任后的“交接关”。这样既有利于经济责任审计工作的开展，提高经济责任审计监督力度，也避免了经济责任审计成为“马后炮”而流于形式。
三、经济责任审计的结果缺乏透明度，不利于社会监督
经济责任审计的结果只能对政府和组织人事部门报告，不能向社会公开，这就使审计的结果缺乏透明度，而且不利于社会监督，更不利于树立领导干部执政为民的理念。因此，建立经济责任审计结果公开公示制度就很有必要。除了将任中和离任的经济责任审计结果及时向社会公告外，尤其需要将拟任用的领导干部原职务经济责任审计的结果与任职公示一起向社会公告，接受全社会的监督，这样既能加强社会对审计工作的监督力度，有利于提高审计质量，加强审计人员的责任心和工作压力，有利于经济责任审计工作的长期健康发展；
同时，也有利于加强干部任用的透明度，有利于树立和培养领导干部执政为民的理念和亲民作风。
四、经济责任审计结果落实整改难，大大削弱了审计监督的力度
经济责任审计结果的落实和整改一直比较困难。特别是一些决策性失误，已经造成了巨大的社会和经济资源的损失，其影响也将是长期性的。而对于这样一些问题的整改，既需要一定的时间和力度，更需要多个部门统一协调才能有效地解决问题。如果缺乏一个强有力的制度保障、一个跨部门的联合执法组织，审计结果很难得到有效地落实和整改，审计人员的辛勤劳动也将付之东流，同样的问题和错误可能还会不断重复，国家和社会将为此付出巨大的成本。但到目前为止，对经济责任审计结果的落实整改尚缺乏硬性的规范要求，致使一些审计出来的问题得不到有效落实和整改，不利于经济责任审计的进一步发展。因此，有必要制定审计结果的有效落实和整改制度或法规，并成立相应的跨部门的专门组织，强力落实审计结果。